违反《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》，造成档案损失的，由县级以上人民政府档案行政管理部门、有关主管部门（ ）。

这是一道涉及法律条文理解和应用的问题，我们需要根据《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》来判断哪个选项是正确的处理措施。

首先，我们分析题目中的关键信息：

违反《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》。
造成档案损失。

接下来，我们逐个分析选项：
A. 予以警告：虽然法律条文中可能会包含警告作为轻微的处罚措施，但在此情境下，仅警告不足以弥补已经造成的档案损失。
B. 责令赔偿：根据常识和法律原则，对于因违法行为造成的损失，通常要求违法者进行赔偿。这与题目中“造成档案损失”的情况直接相关，是合理的处理措施。
C. 予以罚款：罚款虽然是一种处罚方式，但在此情境下，罚款可能不足以完全弥补档案损失，且题目中强调的是损失赔偿，而非单纯的处罚。
D. 行政处分：这通常针对的是公职人员因职务行为或违反行政规定而受到的处罚，与本题中因违反档案法而造成的档案损失不直接相关。

综上所述，根据《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》的精神，以及题目中强调的“造成档案损失”的情况，最合适的处理措施是要求违法者赔偿损失。

因此，答案是B.责令赔偿。