机务段对互换配件,应在()检查一次,清点数量,核对台账。

这道题目考察的是机务段对互换配件的检查和清点频率。我们来逐一分析各个选项：

A. 每年年初：这个选项只指定了每年年初进行一次检查，忽略了整年中其他时间的检查需求，可能不足以确保配件的及时更换和台账的准确性。

B. 每年二、四季度末各：这个选项明确指出在每年的第二和第四季度末各进行一次检查。这样的安排既考虑了年度内的两次全面检查，又避免了过于频繁的检查带来的不必要工作负担，同时能够确保在年底前对配件进行充分的检查和清点，为下一年的工作做好准备。

C. 每季度初：虽然这个选项表示每季度都进行检查，但选择季度初可能不是最佳时机，因为此时可能还未完全进入该季度的工作状态，且如果发现问题，可能需要在季度初就进行大量调整，影响季度初的工作计划。

D. 每季度末：虽然每季度末进行检查也是一个合理的选择，但相比B选项，它缺少了每年至少两次的全面检查和清点的保障。此外，如果只在季度末进行检查，可能会因为时间间隔较长而忽略了一些中间出现的问题。

综上所述，B选项“每年二、四季度末各”既考虑了检查的全面性，又避免了过于频繁的检查，是机务段对互换配件进行检查和清点的最佳时机。因此，正确答案是B。