机车柴油机的冷却水进口在气缸盖的()。

这是一道关于机车柴油机结构理解的问题，特别是针对冷却水进口位置的认识。我们可以根据题目中的选项和柴油机冷却系统的基本设计原理来进行分析。

A. 上部：在柴油机气缸盖的设计中，上部通常用于安装进排气阀、喷油嘴等关键部件，这些部件需要保持高温以促进燃烧和排放过程。因此，将冷却水进口设计在气缸盖的上部并不合理，因为这可能会干扰到这些高温部件的正常工作。

B. 下部：气缸盖的下部是气缸套和气缸盖之间的连接区域，也是冷却液循环的关键位置。将冷却水进口设计在气缸盖的下部，可以确保冷却液能够直接流入气缸套周围，有效地带走燃烧过程中产生的大量热量，保持气缸盖和气缸套的正常工作温度。这是柴油机冷却系统设计中的常见做法。

C. 前端：气缸盖的前端通常用于安装各种传感器、管路连接件等，而不是作为冷却水的主要入口。此外，前端位置可能无法确保冷却液均匀分布到所有气缸套周围，因此不是理想的冷却水进口位置。

D. 后端：同样，气缸盖的后端也主要用于安装各种附件和连接件，而不是作为冷却水的主要入口。后端位置同样存在冷却液分布不均的问题，不利于冷却系统的整体效率。

综上所述，将冷却水进口设计在气缸盖的下部（选项B）是最合理的选择。这既符合柴油机冷却系统的设计要求，又能确保冷却液有效地带走燃烧过程中产生的热量，保持发动机的正常工作温度。

因此，答案是B。