机车柴油机的冷却水出口在气缸盖的()。

解析：
机车柴油机工作时会产生大量热量，为了保证其正常运行，需要有有效的冷却系统来带走这些热量。冷却水通过气缸体和气缸盖内部的水套流动，吸收热量之后，需要有一个出口将变热的水排出，以便循环使用。

A. 上部：正确答案。通常情况下，冷却水会在吸收了气缸工作的热量后，从气缸盖的上部位置排出。这是因为热胀冷缩的原理，热水密度小，倾向于上升，因此设计冷却水出口在上部有助于提高自然对流的效果，从而提高冷却效率。

B. 下部：错误。如果冷却水出口设在下部，则不利于热水的自然排出，因为热水会上升，可能会导致冷却系统中出现气穴现象，影响冷却效果。

C. 前端：错误。气缸盖的前端并不是冷却水最自然的排出位置，因为它没有考虑到热水上升的因素。

D. 后端：错误。与前端类似，后端也不是最优的选择，冷却系统的布局会根据实际的机械设计而定，但通常不会选择后端作为主要的冷却水出口。

综上所述，答案是A，即冷却水出口位于气缸盖的上部。