水行政调解的程序包括（）。

这道题目考察的是水行政调解的程序。我们来逐一分析每个选项，并解释为什么它们都是水行政调解程序的一部分。

A. 申请调解：这是调解程序的起点。当双方发生争议并希望通过调解方式解决时，首先需要向有权进行调解的行政机关或机构提出书面或口头的调解申请。因此，A选项是调解程序不可或缺的一部分。

B. 征求意见：在调解过程中，调解机构往往需要听取双方当事人的意见和诉求，以便更全面地了解争议的背景和双方的具体要求。这有助于调解机构制定更加公正、合理的调解方案。因此，B选项也是调解程序的一个重要环节。

C. 调查事实：调解机构在受理调解申请后，通常需要对争议的事实进行调查核实。这是为了确保调解过程中能够基于准确、客观的事实进行，从而做出公正合理的调解。因此，C选项是调解程序中至关重要的一步。

D. 调解协商：在了解了争议事实和双方意见后，调解机构会组织双方当事人进行协商，以寻求双方都能接受的解决方案。调解协商是调解程序的核心部分，也是实现争议和平解决的关键环节。因此，D选项同样是调解程序的重要组成部分。

综上所述，A、B、C、D四个选项都是水行政调解程序中的必要环节。因此，正确答案是ABCD。