（）负责全国取水许可制度的组织实施和监督管理。

解析

这个问题涉及到的是我国水利工程管理中的取水许可制度及其监督管理职责的归属。我们可以逐一分析每个选项来确定正确答案。

A. 国务院水行政主管部门

国务院水行政主管部门，即水利部，是我国水利事务的最高管理机构。它负责全国范围内的水资源管理、保护、利用和开发等工作。由于取水许可制度直接关系到水资源的合理开采和利用，因此这一制度的组织实施和监督管理自然由国务院水行政主管部门负责。这一选项与问题直接相关，且符合我国水利管理的实际情况。

B. 国务院城市建设行政主管部门

此选项涉及的是城市建设方面的行政主管部门，其职责主要集中在城市规划、建设和管理等方面，与取水许可制度的直接组织实施和监督管理关系不大。因此，这个选项不正确。

C. 国务院地质矿产行政主管部门

地质矿产行政主管部门主要负责矿产资源的勘查、开采和管理工作，与水资源管理特别是取水许可制度的组织实施和监督管理无直接联系。因此，这个选项也不正确。

D. 国家发展计划委员会

这个选项提到的机构可能是一个较早期的称谓，现在已经整合为其他部门，如国家发展和改革委员会。而且，其职责主要集中在国家经济发展计划的制定和宏观经济管理等方面，与水资源管理特别是取水许可制度的实施和监督关系不大。因此，这个选项同样不正确。

综上所述，负责全国取水许可制度的组织实施和监督管理的机构是国务院水行政主管部门，即选项A。