下列取水必须申请取水许可证的有（）。

根据中国的水资源管理法律法规，通常情况下，为了合理利用和保护水资源，对于大规模或工业用途的取水行为需要申请取水许可证。现在我们来分析每个选项：

A. 为农业抗旱应急必须取水的：
这种情况通常是临时性的，并且是为了应对紧急情况，如干旱。根据《中华人民共和国水法》及相关规定，这种情况下的取水可以是临时许可或者是豁免许可的情况之一。

B. 为保障矿井等地下工程施工安全和生产安全必须取水的：
矿井等地下工程涉及到安全生产问题，这类取水可能是必要的，但是否需要申请取水许可证取决于具体的法律法规以及取水量的情况。

C. 为农业灌溉大量取水的：
农业灌溉如果涉及大量取水，则需要申请取水许可证，以确保水资源的合理分配和使用，防止过度使用水资源影响到其他用户和生态环境。

D. 为防御和消除对公共安全或者公共利益的危害必须取水的：
类似于选项A，这种情况也是为了应对紧急情况，如洪水等自然灾害，这种取水可能属于紧急状态下的措施，可能不需要常规的许可证。

所以，正确答案是C，因为农业灌溉大量取水通常是一个持续的行为，涉及到较大的用水量，因此需要申请取水许可证。而其他选项中的取水行为则多为应急措施或特殊情况，可能有其他的法律条款进行规范。