《蓄滞洪区运用补偿暂行办法》是由（）发布施行的。

这道题考查的是对我国水利法规发布机构的了解。《蓄滞洪区运用补偿暂行办法》主要是为了规范蓄滞洪区在使用过程中对居民造成的损失进行合理补偿的相关规定。

选项分析如下：

A. 水利部：水利部是我国负责水资源管理与防洪抗旱等工作的政府部门，但它通常制定的是行业标准和技术规范，并不是此类涉及广泛政策层面的暂行办法的直接发布单位。
B. 国家计委（现为国家发展和改革委员会，简称发改委）：该部门主要负责国家经济和社会发展的规划与政策制定，但不是这类具体管理办法的主要发布者。
C. 国务院：作为我国最高国家行政机关，国务院有权发布涉及全国性的行政法规和决定，包括关于蓄滞洪区运用补偿的规定。
D. 财政部：虽然蓄滞洪区的补偿涉及到资金的问题，但是这类具体的管理办法通常不会由财政部单独发布。

根据以上分析，《蓄滞洪区运用补偿暂行办法》是由国务院发布施行的，因此正确答案是 C. 国务院。