较大质量事故由（）组织调查组进行调查。

根据我国水利工程建设质量管理的相关规定，对于不同等级的质量事故，其调查处理的组织单位有所不同。对于较大质量事故，应当由项目主管部门来组织调查组进行调查处理。因此正确答案是选项 B，“项目主管部门”。

解析各选项如下：

A. 项目法人：项目法人通常是项目建设的责任主体，但在发生较大质量事故时，并不是负责组织调查的一方。
B. 项目主管部门：正确选项，通常是指上级管理机关，比如省级水利厅或相关行业管理部门，它们负责组织较大质量事故的调查工作。
C. 省级以上水行政主管部门：虽然省级以上水行政主管部门对于工程质量有监管职责，但对于较大质量事故，直接组织调查的任务一般落在项目主管部门上。
D. 水利部：水利部作为国家级别的主管部门，主要负责特别重大或重大质量事故的处理，而不是较大质量事故。

综上所述，当发生较大质量事故时，应由项目主管部门（选项B）组织调查组来进行调查处理。