县级以上地方人民政府交通主管部门对国道、省道的管理、监督职责,由()确定。

这道题的答案是D，即“省、自治区、直辖市人民政府”。下面是对各个选项的简短解析：

A. 当地机关：此选项过于笼统，且通常不直接涉及对国道、省道的管理和监督职责的具体划分。国道、省道作为重要的国家交通基础设施，其管理和监督往往由更高一级的政府或机构负责。

B. 公路管理机构：虽然公路管理机构确实在公路的日常维护和管理中扮演重要角色，但它们通常是在更高层级政府或交通主管部门的指导下工作，不直接决定国道、省道的管理和监督职责的归属。

C. 国务院：国务院作为国家最高行政机关，其职责主要是制定国家层面的政策、法规，并监督其实施。对于国道、省道这类具体的地方性交通设施的管理和监督职责，通常会下放给地方政府或相关部门来执行。

D. 省、自治区、直辖市人民政府：这个选项直接对应了题目中的“县级以上地方人民政府交通主管部门”。根据相关法律法规，国道、省道作为跨地区的重要交通干线，其管理和监督职责通常由省级政府或其授权的机构来具体负责。这样既能保证管理的统一性和有效性，又能根据地方实际情况进行灵活调整。

综上所述，D选项“省、自治区、直辖市人民政府”是正确答案，因为它准确地反映了我国对于国道、省道管理、监督职责的划分原则。