下列违反民用爆炸物品管理规定的行为，由公安机关依法查处的有（）

选项解析：

A. 民用爆炸物品销售企业超出购买许可的品种、数量销售民用爆炸物品：这一行为违反了《民用爆炸物品安全管理条例》的相关规定，销售企业应当严格按照许可的品种和数量进行销售。因此，这种行为应由公安机关依法查处。

B. 某民用爆炸物生产企业未按照规定对生产的雷管编码打号：根据《民用爆炸物品安全管理条例》，生产企业需要对雷管等民用爆炸物品进行编码打号，以便追踪管理。未按规定打号的行为属于违规，应当被公安机关查处。

C. 某民用爆炸物品生产企业生产的民用爆炸物品的质量不符合相关标准：虽然这种行为违反了产品质量的法律法规，但一般由质量技术监督部门或者工商行政管理部门进行查处，而不是直接由公安机关查处。

D. 某民用爆炸物品销售企业未按照规定建立民用爆炸物品登记制度，未如实将本单位销售的民用爆炸物品的品种、数量和流向信息输入计算机系统：根据《民用爆炸物品安全管理条例》，销售企业必须建立登记制度，并如实记录相关销售信息。未遵守这一规定的行为应由公安机关依法查处。

为什么选BD：

选项B和D都明确提到了《民用爆炸物品安全管理条例》中规定的企业必须遵守的具体安全管理措施，且这些措施的违规直接关系到公共安全，因此这些行为由公安机关依法查处是符合法律规定的。

选项A虽然也是违规行为，但题干中的表述可能不够明确，是否超出许可的品种、数量这一点需要具体的证据来证实，因此在没有明确证据的情况下，可能不会首选。

选项C虽然是违规行为，但主要负责查处此类违规的部门不是公安机关，而是质量技术监督或工商行政管理部门，所以不是最佳答案。因此，正确答案是BD。