施工单项合同估算价在（）万元以上的水利工程项目必须招标。

根据中国水利工程项目招标的相关规定，对于施工单项合同估算价格的要求，选项 C（200万元）是正确的。

解析如下：

选项 A（50万元）：这个金额太低，不符合大型水利工程项目的规模和投资要求。
选项 B（100万元）：虽然对于一些项目来说这可能是一个较大的数目，但是根据现行的规定，100万元尚未达到必须进行招标的标准。
选项 C（200万元）：根据现行的法律法规，当单项合同的估算价格达到或超过200万元人民币时，为了确保公平竞争和资金使用的透明度，该项目必须通过招标的方式选择承包商。
选项 D（300万元）：虽然这也是一个合理的金额，但是根据当前的规定，300万元不是启动强制招标程序的标准金额。

因此，正确答案是 C（200万元），即施工单项合同估算价在200万元以上的水利工程项目必须通过招标程序来确定承包商。请注意，具体金额可能会随着政策调整而有所变化，建议参照最新的法律法规文件。