下列取水中不适用《取水许可制度实施办法》的是（）。

选项解析：

A. 利用水工程直接从江河取水：这种情况通常涉及到对水资源的大规模利用，需要按照《取水许可制度实施办法》进行管理，以确保水资源的合理开发和保护。

B. 利用机械提水设施直接从地下取水：地下水的取用同样需要遵守取水许可的相关规定，以防止地下水的过度开采和污染。

C. 取用自来水厂等供水工程的水：自来水厂等供水工程的水通常是经过处理，并以商品形式出售给最终用户的。因此，这种取水行为属于商业交易范畴，不适用于《取水许可制度实施办法》的管理。

D. 利用渠道直接从湖泊取水：直接从湖泊取水也是对自然水资源的利用，需要遵守取水许可制度，确保水资源的合理使用。

为什么选择C：

根据《取水许可制度实施办法》，取水许可主要针对直接从自然水资源（如江河、湖泊、地下水）中取水的行为。而选项C提到的自来水厂等供水工程的水，是已经经过处理和供应的水，其取用水行为已经受到供水工程管理规定的约束，并且通常是以购买的形式获得，不涉及直接从自然水资源的取用。因此，C选项不适用《取水许可制度实施办法》。