《取水许可制度实施办法》是根据（）制定的，由（）发布实施。

这是一道关于中国水利法律法规的题目，特别是关于《取水许可制度实施办法》的制定依据和发布机构的识别。我们来逐一分析各个选项：

A. （A） 《中华人民共和国水法》、国务院：

《取水许可制度实施办法》是关于水资源管理和取水许可的具体实施办法，其制定必须基于国家层面的水资源管理基本法律。在中国，这一基本法律是《中华人民共和国水法》。
发布机构方面，由于《取水许可制度实施办法》是涉及全国范围的水资源管理政策，其发布机构应为国务院，即中国的中央政府。因此，这个选项是正确的。

B. （B） 《中华人民共和国水法》、水利部：

虽然《中华人民共和国水法》是制定《取水许可制度实施办法》的依据，但水利部作为国务院的下属部门，通常不直接发布涉及全国范围的重要政策文件。这类文件多由国务院或其授权部门发布。因此，这个选项不正确。

C. （C） 《城市供水条例》、水利部：

《城市供水条例》主要涉及城市供水的管理和运营，与全国范围的水资源管理和取水许可制度关系不大，因此不能作为《取水许可制度实施办法》的制定依据。此外，发布机构同样应为国务院而非水利部。因此，这个选项不正确。

D. （D） 《城市供水条例》、建设部：

理由与C选项相似，《城市供水条例》与《取水许可制度实施办法》的关联性不强，且建设部也不是发布此类全国范围水资源管理政策的合适机构。因此，这个选项同样不正确。

综上所述，正确答案是A，即《取水许可制度实施办法》是根据《中华人民共和国水法》制定的，并由国务院发布实施。