国家对水资源依法实行取水许可制度和有偿使用制度。（）负责全国取水许可制度和水资源有偿使用制 度的组织实施。

这道题考察的是对我国水资源管理法律法规的理解，特别是关于取水许可制度和水资源有偿使用制度的实施主体。

题目中的选项解析如下：
A. 各级人民政府水行政主管部门：它们主要负责本地区的水资源管理工作，包括执行上级政策和法规等，但不是全国性政策的直接组织和实施者。
B. 国务院有关部门：虽然国务院下设多个部门，各自承担不同的职能，但是单独提到“国务院有关部门”并不特指哪个具体部门来执行这项职责。
C. 国务院水行政主管部门：根据《中华人民共和国水法》的规定，国务院水行政主管部门是指水利部，它负责全国水资源的统一管理和监督，包括取水许可和水资源使用的管理。
D. 国务院：作为最高行政机关，国务院制定宏观政策并指导各部门工作，但它不会直接负责具体的制度实施工作。

正确答案是C，即“国务院水行政主管部门”，因为在我国的法律框架内，国务院水行政主管部门，也就是水利部，负责全国范围内的水资源管理，包括取水许可制度和水资源有偿使用制度的实施。