县级以上人民政府（）统一指挥防汛抗洪工作。

这是一道关于水利工程管理及防汛抗洪工作指挥体系的选择题。我们需要根据题目描述，分析并确定哪个机构或部门在县级以上人民政府中负责统一指挥防汛抗洪工作。

首先，我们梳理题目中的关键信息：

主体：县级以上人民政府
职责：统一指挥防汛抗洪工作

接下来，我们分析各个选项：
A. 水行政主管部门：水行政主管部门主要负责水资源的开发、利用、节约、保护和防治水害等管理工作，虽然与水利紧密相关，但并不直接负责防汛抗洪的统一指挥工作。

B. 环境保护部门：环境保护部门主要负责环境保护和污染防治等工作，与防汛抗洪的直接指挥无直接关联。

C. 计划主管部门：计划主管部门主要负责经济和社会发展的规划、计划等工作，同样不直接涉及防汛抗洪的统一指挥。

D. 防汛指挥机构：防汛指挥机构是专门为了应对洪水灾害而设立的，负责统一指挥、协调和组织防汛抗洪工作。在县级以上人民政府中，防汛指挥机构是负责这一职责的专门机构。

综上所述，根据题目描述和各选项的职能分析，我们可以确定在县级以上人民政府中，负责统一指挥防汛抗洪工作的机构是防汛指挥机构。

因此，答案是D：（D）防汛指挥机构。