国家确定的重要江河、湖泊的防洪规划，由（）批准。

解析这道题之前，我们需要理解中国在水资源管理和防洪规划方面的法律法规。根据《中华人民共和国水法》及相关法规的规定，对于国家确定的重要江河、湖泊的治理与保护，通常涉及跨区域协调及国家级战略部署，因此需要由最高决策层来制定相应的规划。

选项分析如下：

A. 国务院水行政主管部门：虽然该部门负责水利工作的指导和监督，但它更多是执行国务院的决定，并不具备最终的审批权。
B. 流域管理机构：这类机构负责具体流域内的协调管理工作，但它们同样需要依据上级指示行事，无权单独批准国家级别的规划。
C. 国务院：作为国家最高行政机关，它有权对涉及全国性或跨区域的重大事项作出决策，包括重要的江河湖泊的防洪规划。
D. 江河、湖泊所在地人民政府：地方政府负责本地区的具体实施工作，但是重要江河湖泊的防洪规划通常超越了单个地方的管辖范围，故此应由更高层级来统筹规划。

综上所述，正确答案为C，即国务院。这是因为国务院作为最高的国家行政机关，拥有对影响全国或者多个地区的重大事项进行决策的权力。