重大质量事故由（）组织调查组进行调查。

这道题目考察的是水利工程中重大质量事故调查的组织单位。我们来逐一分析各个选项：

A. 项目法人：项目法人在水利工程项目中扮演着重要的管理和执行角色，但它主要负责项目的日常管理和运营，不具备独立组织重大质量事故调查的权力和能力。因此，A选项不正确。

B. 项目主管部门：项目主管部门虽然对项目有监管和指导的职责，但在处理重大质量事故时，通常需要更高级别的行政机构或专业机构来组织调查，以确保调查的公正性和权威性。因此，B选项也不符合题意。

C. 省级以上水行政主管部门：根据水利工程的相关规定，重大质量事故的调查应由省级以上水行政主管部门组织。这是因为重大质量事故涉及范围广、影响大，需要由具备相应权力和专业能力的机构来负责调查。省级以上水行政主管部门具备这样的条件，能够确保调查工作的顺利进行和结果的公正性。因此，C选项是正确答案。

D. 水利部：虽然水利部是水利行业的最高管理机构，但在实际操作中，它可能不直接组织所有重大质量事故的调查。相反，它通常会授权或指导省级以上水行政主管部门来具体执行这一任务。因此，D选项虽然是一个高级别的管理机构，但不是直接组织重大质量事故调查的单位，故不正确。

综上所述，正确答案是C，即省级以上水行政主管部门组织重大质量事故的调查。