在一个销售单元的包装中含有不同品种、多种独立包装的食品，每件独立包装的食品标识应当按照《食品标识管理规定》进行标注。

正确。根据《食品标识管理规定》，每件独立包装的食品都应当标注相关信息，包括食品名称、成分表、保质期、生产日期、生产单位等。这样可以确保消费者在购买食品时能够清楚地了解食品的相关信息，保障消费者的权益。 举个例子，比如一包零食里面包含了不同口味的小袋装零食，每个小袋装零食都应该标注清楚成分、保质期等信息。这样消费者在选择时就可以根据自己的口味和需求来挑选，也可以更加放心地食用。如果没有标注清楚相关信息，消费者可能会因为不了解食品的具体情况而导致食品安全问题。因此，按照《食品标识管理规定》进行标注是非常重要的。