各级修程的周期,应按非经该修程不足以恢复其基本技术状态的机车零部件,在两次修程之间保证安全运用的()期限确定。

这道题目考察的是内燃机车各级修程周期设定的原则。我们来逐一分析各个选项：

A. 最长：如果选择“最长”，那么意味着两次修程之间的间隔会尽可能长，但这并不符合内燃机车零部件维护和保证安全运用的原则。因为过长的间隔可能导致零部件磨损严重，影响机车性能和安全。

B. 最短：这个选项意味着两次修程之间的间隔是确保零部件在两次修程之间能够保持基本技术状态并安全运用的最短时间。这是合理的，因为它确保了机车零部件在达到需要更换或维修的临界点之前得到及时的维护和更换，从而保证了机车的安全性和可靠性。

C. 平均：选择“平均”并不具体，因为它没有考虑到不同零部件的磨损速率和更换周期可能存在的差异。因此，这个选项不是最优的。

D. 不确定：这个选项显然不符合实际情况，因为内燃机车的修程周期是需要根据具体条件和技术要求来确定的，不能是不确定的。

综上所述，各级修程的周期应该根据非经该修程不足以恢复其基本技术状态的机车零部件，在两次修程之间保证安全运用的最短期限来确定。这样既能保证机车的安全性和可靠性，又能避免不必要的资源浪费。因此，正确答案是B。