案例描述:一辆车牌为豫WB**36的二轴货车,在某站出口时,司机称已在”中国ETC服务”预约联合收割机跨区作业通行,因各方面原因司机未能出示预约二维码,车货总重16吨,经收费员检验为收割机运输车辆,收取通行费后放行。(3)联合收割机未进行(),在出口查验合格后,按特情车处理。

本题考察的是联合收割机跨区作业通行的相关规定及操作流程。

A. 称重检测：虽然车辆在进入收费站时可能会进行称重以确认其是否超重，但此选项并非联合收割机跨区作业通行的特殊要求，也不是本题中的关键步骤，因此A选项错误。

B. 拍照取证：拍照取证通常用于记录车辆信息或违规情况，并非联合收割机跨区作业通行的必要流程，故B选项错误。

C. 安装ETC装置：ETC（电子不停车收费系统）的安装虽然对于车辆通行有一定便利，但并不是联合收割机跨区作业通行的前提条件，因此C选项错误。

D. 扫查验码：虽然题目中提到司机未能出示预约二维码，但这并不意味着所有联合收割机跨区作业都必须依赖二维码进行查验。此外，扫查验码通常是在已有预约记录的基础上进行的，而非预约本身，所以D选项错误。

E. 网上预约：根据联合收割机跨区作业通行的相关规定，车辆需要在“中国ETC服务”等平台进行网上预约，以便在通行时享受相应的优惠政策或特殊处理。题目中明确提到司机称已在网上预约，但因故未能出示预约二维码。这表明网上预约是联合收割机跨区作业通行的必要步骤，符合本题中的“未进行...在出口查验合格后，按特情车处理”的描述。因此，E选项正确。

综上所述，正确答案是E：网上预约。