MTC客户补费资金进入()账户。

选项解析：

A. 车牌照所属省份的省中心：这个选项指的是客户补费的资金会进入车辆牌照注册所在省份的中心账户。

B. 收费公路经营管理单位：这个选项指的是补费资金进入具体管理该收费公路的单位的账户。

C. 发行方所属省中心：这个选项指的是补费资金进入发行电子不停车收费（ETC）卡片或其他收费介质的公司所在的省中心账户。

D. 收款单位所属省中心：这个选项指的是补费资金进入执行收费操作的单位的所属省中心账户。

为什么选择A：

在MTC（Manual Toll Collection，人工收费）模式下，客户补费通常是指当车辆通过收费站时，由于某些原因未能成功缴费，需要在之后进行补缴的情况。按照相关规定和实际操作流程，补费资金通常会归入车辆牌照所属省份的省中心账户，因为这样可以对应车辆注册地，便于管理和核对。每个省份对于收费公路的管理都有自己的规定和账户体系，因此补费资金进入车牌照所属省份的省中心账户是最合理的选择。选项A正确反映了这一操作流程。其他选项与实际操作不符，因此不正确。