合格运输联合收割机(插秧机)车辆判断标准:

本题考察的是对合格运输联合收割机(插秧机)车辆判断标准的理解。

选项A：持有省级农机、交通部门和县级农机管理部门加盖公章的《作业证》且在有效期内。这是判断联合收割机(插秧机)是否具备合法作业资格的重要依据，因为《作业证》是相关部门对农机作业进行管理和监督的有效手段，确保农机在合法、安全、有效的状态下进行作业。因此，A选项是判断合格运输车辆的重要标准之一。

选项B：联合收割机未悬挂正式号牌。这一选项明显与常规交通管理规定相悖。所有上路行驶的车辆，包括联合收割机，都需要悬挂正式号牌以便交通管理和监督。未悬挂号牌的车辆不仅违法，还存在极大的安全隐患。因此，B选项不能作为合格运输车辆的判断标准。

选项C：联合收割机(插秧机)号牌与《作业证》登记信息一致且无涂改。这一选项确保了农机身份信息的真实性和一致性，是防止农机被盗、被冒用等违法行为的重要措施。因此，C选项也是判断合格运输车辆的重要标准之一。

选项D：收割机运输车辆车货总质量(以入口重量为主)和外廓尺寸均未超过国家规定的最大限值。除装载联合收割机(插秧机)及其常用必备配件外,未装载其它货物。这一选项涉及到车辆装载的合法性和安全性。超限超载不仅会对道路造成损害，还会增加行车风险。同时，确保车辆仅装载联合收割机(插秧机)及其常用必备配件，也是防止车辆被用于非法运输其他货物的有效措施。因此，D选项同样是判断合格运输车辆的重要标准。

综上所述，正确答案是ACD。这三个选项共同构成了判断合格运输联合收割机(插秧机)车辆的标准体系，确保了农机作业的合法性、安全性和有效性。