项目法人应至少每 （）组织一次安全生产综合检查，施工单位应至少每 （）自行组织一次安全生产综合检查。

选项解析：

A.（A）旬，周：此选项中项目法人每旬组织一次安全生产综合检查的频率可能过高，而施工单位每周组织一次的频率则可能过于频繁，不符合实际操作中的成本效益原则。

B.（B）月，旬：项目法人每月组织一次安全生产综合检查是比较合理的，但施工单位每旬组织一次可能仍然过于频繁，增加了企业的负担。

C.（C）月，月：如果项目法人和施工单位都每月组织一次安全生产综合检查，可能会忽视安全生产中需要及时响应的问题，检查间隔时间过长，不利于及时发现和解决问题。

D.（D）月，两月：项目法人每月组织一次安全生产综合检查可以保证安全生产管理工作的连续性和及时性；施工单位每两月组织一次则既能保证安全生产管理，又能考虑施工单位的实际操作和成本效益。

选择答案D的理由：

根据水利工程建设安全生产管理规定，项目法人作为工程建设的主体，应当加强安全生产管理，定期进行安全生产检查是必要的。每月进行一次可以保证安全生产管理的持续性和及时性。而施工单位作为实施安全生产的具体责任单位，其安全生产检查的频率可以适当低于项目法人，每两月进行一次综合检查既可以满足安全生产的要求，又能避免过度频繁的检查带来的不必要负担。因此，选项D是符合实际操作和管理需要的合理答案。