《山东省水利工程建设管理办法》规定，水利工程建设实行“部门指导，（）”的原则。

这道题目考察的是对《山东省水利工程建设管理办法》中关于水利工程建设管理原则的理解。我们可以根据题目要求和各个选项进行逐一分析：

A. 分等管理：这个选项通常用于描述对资源、项目或任务按照重要性、优先级或规模进行等级划分的管理方式。然而，在水利工程建设管理中，并不特别强调“分等管理”作为基本原则，且此选项与题目中的“部门指导”原则搭配不够直接和明确。

B. 分级管理：分级管理是指根据行政区划或管理层次，将管理权限和责任划分到不同级别的机构或部门。在水利工程建设中，这种管理方式尤为重要，因为它能确保各级政府和部门在工程建设过程中有明确的职责和权限，从而更有效地进行协调和管理。此选项与“部门指导”原则相辅相成，共同构成了水利工程建设的管理框架。

C. 密切协作：虽然密切协作是任何项目管理中都非常重要的一个方面，但它并不是《山东省水利工程建设管理办法》中明确规定的原则。此外，该选项与“部门指导”之间缺乏直接的逻辑联系。

D. 分工负责：分工负责是指根据工作需要和职责划分，将具体任务和责任分配给不同的部门、单位或个人。在水利工程建设中，明确的分工负责是确保工程顺利进行的关键。这一原则与“部门指导”紧密相关，因为部门指导的前提是各部门有明确的职责和任务分工。

综上所述，选项B“分级管理”和D“分工负责”最符合《山东省水利工程建设管理办法》中关于水利工程建设实行“部门指导”原则的描述。这两个原则共同构成了水利工程建设管理的基本框架，确保了工程建设过程中的有序性和高效性。

因此，正确答案是B和D。