《大中型灌区续建配套节水改造项目建设管理办法》规定，大中型灌区改造项目建设资金由（）。

这道题目考察的是对《大中型灌区续建配套节水改造项目建设管理办法》中关于项目资金来源的理解。根据实际政策，大中型灌区的续建配套节水改造项目的建设资金通常是由中央和地方共同承担的。

解析如下：

选项A（水利部门）：水利部门负责项目的管理和监督，并不直接提供资金支持。
选项B（灌区）：虽然灌区可能需要承担部分运行维护费用，但是大规模的基础建设项目通常不是由灌区自行解决资金的。
选项C（中央）：中央政府会提供一部分资金支持，用于确保全国范围内重要基础设施的建设和改造。
选项D（地方）：地方政府也会承担相应的资金配比，以配合中央政策并促进本地农业发展。

正确答案是CD，因为按照我国相关政策，此类项目的资金一般由中央和地方政府共同出资。这样的资金安排有助于确保项目顺利进行，并且能够体现国家政策与地方实际需求的结合。