长江、黄河、淮河、海河的防御洪水方案，由（）制定，报国务院批准。

本题考察的是对防洪法规中防御洪水方案制定机构的理解。

选项A，国家防汛指挥机构：根据我国相关防洪法规，长江、黄河、淮河、海河等跨省、自治区、直辖市的重要江河的防御洪水方案，确实是由国家防汛指挥机构（通常指国家防汛抗旱总指挥部）负责制定，并报国务院批准。这一机构具有全国性的防洪协调与决策职能，因此能够制定涉及多个省区的流域性防洪方案。

选项B，国务院水行政主管部门：虽然水行政主管部门在防洪工作中扮演重要角色，但其主要职责更侧重于水资源管理和水工程建设等方面，而非直接制定流域性的防御洪水方案。

选项C，流域管理机构：流域管理机构，如长江水利委员会、黄河水利委员会等，通常负责流域内的水资源管理、水工程建设和运行管理等具体事务，但并不具备制定全国性或跨多省区的防御洪水方案的权限。

选项D，相关的人民政府：各级人民政府在防洪工作中负有重要责任，包括组织抢险救灾、保障人民生命财产安全等，但防御洪水方案的制定需要更高层次的协调与决策，通常不由地方政府单独承担。

综上所述，长江、黄河、淮河、海河的防御洪水方案应由国家防汛指挥机构制定，并报国务院批准，因此正确答案为A。