国家农业综合开发中型灌区节水配套改造项目初步设计或施工图设计报告由（）审批。

选项解析：

A. 省级农发办：省级农业综合开发办公室通常负责本行政区域内农业综合开发项目的具体实施和管理，但审批权限通常限于项目建议书或实施方案等，初步设计或施工图设计报告的审批权限一般不在省级。

B. 省水利厅：省水利厅作为省级水利行政管理部门，负责本行政区域内水利工程的规划、设计审批、建设管理等工作。对于中型灌区节水配套改造项目的初步设计或施工图设计报告，省水利厅具有审批权限。

C. 水利部农发办：水利部农业综合开发办公室负责全国农业综合开发水利项目的宏观管理，通常不直接审批具体项目的初步设计或施工图设计报告。

D. 国家农发办：国家农业综合开发办公室负责全国农业综合开发的总体规划和政策制定，具体项目的初步设计或施工图设计报告审批通常不是由国家层面直接审批。

为什么选这个答案：

答案选B，因为根据水利工程项目管理的相关规定，中型灌区节水配套改造项目的初步设计或施工图设计报告的审批权限通常在省级水利行政管理部门，即省水利厅。省水利厅负责本行政区域内水利工程的规划、设计审批等具体工作，因此具有审批此类设计报告的权限。其他选项要么不具备审批权限，要么审批权限不在其层级。