国家确定的重要江河的流域水污染防治规划，由（）批准。

根据《中华人民共和国水污染防治法》的规定，国家对于重要江河、湖泊的流域水污染防治规划，是由国务院批准的。因此，在给出的选项中，正确答案是（A）国务院。

我们来简要分析一下其他选项：

（B）国务院水行政主管部门：虽然该部门在水资源管理方面有重要职责，但它并不直接负责批准此类规划。
（C）国务院环境保护部门：环境保护部门负责环境监管和保护工作，但它并不是最终批准规划的机构。
（（D）流域管理机构：这类机构通常负责具体的流域管理工作，但它们并没有权力去批准国家级的流域水污染防治规划。

因此，按照法律规定，国家确定的重要江河的流域水污染防治规划应当由最高行政机构——国务院来批准。