造成水污染危害的单位，有责任排除危害，并对直接受到损失的单位或者个人赔偿损失。赔偿责任和赔偿 金额的纠纷，不可以通过下列那种方式解决（）。

本题考察的是水污染危害赔偿纠纷的解决途径。

首先，我们需要明确题目中的核心点：造成水污染危害的单位需承担赔偿责任，并且当赔偿责任和赔偿金额产生纠纷时，应如何解决这些纠纷。

接下来，我们逐一分析各个选项：
A选项（当事人请求环境保护部门处理）：环境保护部门是负责环境管理和监督的机构，对于水污染等环境问题具有监管和处理权。因此，当水污染赔偿纠纷发生时，当事人可以请求环境保护部门进行处理，这是一个合理的解决途径。

B选项（当事人请求交通部门的航政机关处理）：虽然航政机关主要负责水上交通的监管，但在某些情况下，尤其是涉及水上运输造成的水污染，航政机关也可能具备处理相关赔偿纠纷的权限或能力。因此，这一选项同样是一个可能的解决途径。

C选项（向人民法院起诉）：在法律体系中，人民法院是解决纠纷的最终途径。当双方无法就赔偿问题达成一致时，任何一方都有权向人民法院提起诉讼，由法院进行裁决。这是一个明确且有效的解决方式。

D选项（请求水利主管部门处理）：水利主管部门主要负责水利工程的规划、建设、管理和维护等工作，虽然与水环境密切相关，但其主要职责并不包括处理水污染赔偿纠纷。这类纠纷更多地属于环境保护或法律诉讼的范畴，而非水利主管部门的直接职责。

综上所述，A、B、C三个选项都是合理的解决水污染赔偿纠纷的途径，而D选项（请求水利主管部门处理）则不是解决此类纠纷的适当方式。

因此，答案是D。