下列指标中不是水闸的控制运用指标。（）

这是一道选择题，需要我们从给定的选项中识别出哪一个不是水闸的控制运用指标。我们来逐一分析每个选项：

A. 兴利水位：兴利水位是水闸在运行中，为了实现其灌溉、供水、发电等兴利目标而设定的水位。这个指标直接关联到水闸的调度和运用，是控制水闸运行的重要参数之一。因此，A选项是水闸的控制运用指标。

B. 最大过闸流量：最大过闸流量指的是水闸在特定条件下（如闸门全开时）允许通过的最大水流流量。这个指标对于确保水闸的安全运行和有效调度至关重要，也是水闸控制运用中的一个关键参数。因此，B选项同样属于水闸的控制运用指标。

C. 最大水位差：最大水位差通常指的是水闸上下游之间的最大水位差值。这个指标对于评估水闸的承受能力、制定安全运行策略以及进行工程设计都具有重要意义。它也是水闸控制运用中需要考虑的关键因素之一。因此，C选项也是水闸的控制运用指标。

D. 安全系数：安全系数通常用于工程设计中，以确保结构在承受各种预期和非预期荷载时仍能保持安全。虽然它是工程设计中不可或缺的一部分，但它并不直接作为水闸的控制运用指标。水闸的控制运用更多地关注于水位、流量等直接影响其运行效果和安全的参数，而不是结构本身的安全系数。因此，D选项不是水闸的控制运用指标。

综上所述，正确答案是D，即安全系数不是水闸的控制运用指标。