设备管理单位利用天窗进行维修作业，作业地点与自轮运转设备之间至少保持（ ）以上的安全间隔距离，分别设置移动防护信号。

选项解析：

A. 800m - 这个距离过长，对于一般的维修作业来说，保持800米的安全间隔距离可能会影响作业效率，并且在实际操作中可能不必要。

B. 500m - 这是一个合理的安全间隔距离，通常足以确保自轮运转设备与作业地点之间有足够的安全距离，能够防止意外事故的发生，并且便于设置移动防护信号。

C. 200m - 这个距离可能过短，不能有效保障作业人员的安全，尤其在自轮运转设备速度较快或者作业环境较为复杂的情况下。

D. 100m - 同样，100米的距离明显不足以提供一个安全的工作环境，尤其是在考虑到设备可能需要的制动距离和反应时间。

为什么选择B： 选择B选项的原因是，500米的安全间隔距离能够为维修作业提供一个较为安全的环境，同时也考虑到了作业效率和实际操作的可行性。这个距离可以确保即使自轮运转设备发生意外，也有足够的时间和空间来采取措施避免事故。因此，根据相关的安全规定和作业标准，500米是一个合理的选择。