山东港口集团的发展目标是到2025年，东北亚国际航运枢纽中心建设实现新突破。转型发展实现新跨越。（ ）实现新提升。经济效益实现新增长。（ ）实现新优化。（ ）

这是一道填空题，需要根据山东港口集团的发展目标来选择最合适的词语组合填入空白处。首先，我们需要理解每个空格所处的语境，并结合山东港口集团的发展目标来进行分析。

首先，分析第一个空格。根据“转型发展实现新跨越”这一表述，可以推断接下来的内容应该是与港口集团整体实力或规模相关的提升。
A项和B项的“资源质量”虽然重要，但在此语境下，它更多是作为提升整体实力或规模的一个方面，而非与“转型发展实现新跨越”并列的全面提升内容。
C项和D项的“规模实力”则更贴近整体实力的提升，与“转型发展实现新跨越”在语境上更为匹配。

接着，分析第二个和第三个空格。这两个空格的内容需要与“经济效益实现新增长”并列，且分别描述不同的提升方面。
A项和C项的“企业运营”虽然与经济效益紧密相关，但在此处与“经济效益”并列时，可能会显得重复或不够具体。
B项的“投资比例”虽然是一个重要的财务指标，但它更多是作为经济效益增长的一个手段或因素，而非与“经济效益”并列的另一个提升方面。
D项的“投资比例实现新优化”则可以从资源配置、资金使用效率等角度与“经济效益实现新增长”形成互补，共同描述港口集团在经济和管理层面的全面提升。

综上所述，结合山东港口集团的发展目标和每个空格的语境，最合适的填空选项是D：“规模实力；投资比例”。这一选项既符合整体实力的提升要求，又能与经济效益的增长和投资结构的优化形成并列关系，全面描述港口集团的发展目标。

因此，答案是D。