山东省港口集团年吞吐量超过亿吨的货种有（ ）。

这是一道关于山东省港口集团年吞吐量货种的问题。我们需要根据题目要求，分析各个选项，并确定哪些货种的年吞吐量超过亿吨。

首先，我们梳理题目中的关键信息：

需要确定山东省港口集团年吞吐量超过亿吨的货种。

接下来，我们逐个分析选项：
A. 铁矿石：山东省港口集团，特别是青岛港等主要港口，是铁矿石的重要进口港。由于中国钢铁产业的庞大需求，铁矿石的进口量一直很大，因此铁矿石的年吞吐量很可能超过亿吨。

B. 铝矾土：虽然铝矾土是工业原料，但其进口量和需求量相对于铁矿石和原油等大宗商品来说较小，且山东省并非铝矾土的主要进口或产地，因此其年吞吐量不太可能超过亿吨。

C. 原油：山东省是中国的重要炼油基地，拥有多个大型炼油厂和石化企业，对原油的需求量极大。青岛港、烟台港等港口都是原油的重要进口港，因此原油的年吞吐量很可能超过亿吨。

D. 煤炭：虽然煤炭是中国的主要能源之一，但随着清洁能源的推广和环保政策的加强，煤炭的进口量和消费量都在逐步减少。此外，山东省并非煤炭的主要产地或进口港，因此其煤炭年吞吐量不太可能超过亿吨。

综上所述，铁矿石和原油是山东省港口集团年吞吐量超过亿吨的货种。

因此，答案是A（铁矿石）和C（原油）。