坚持党对军队绝对领导是有一整套制度作保证的.党对军队绝对领导的根本原则和制度,奠基于( ).

这是一道关于中国共产党军队领导制度历史基础的选择题。我们需要分析各个选项，并确定哪一个事件奠定了党对军队绝对领导的根本原则和制度。

A选项（三湾改编）：三湾改编是1927年9月毛泽东在江西省永新县三湾村对秋收起义部队进行的一次重要改编。它确立了党对军队的绝对领导权，将党的支部建在连上，这是把工农革命军建设成为无产阶级新型人民军队的重要开端。这一事件为党对军队的绝对领导奠定了组织和制度基础。

B选项（南昌起义）：南昌起义是1927年8月1日中国共产党领导部分国民革命军在江西省南昌市举行的武装起义，它打响了武装反抗国民党反动派的第一枪，标志着中国共产党独立地创造革命军队和领导革命战争的开始。但它并不直接奠定党对军队绝对领导的根本原则和制度。

C选项（九江会议）：九江会议并非特指某个具有重大历史意义的事件，在中国共产党的历史上，它不是一个标志性的会议，与党对军队绝对领导的制度建立无直接关联。

D选项（古田会议）：古田会议是红四军在1929年12月28日至29日在福建省上杭县古田村召开的第九次党的代表大会。会议根据中央九月来信精神，总结了南昌起义以来红军的建设经验，纠正了红四军党内存在的各种非无产阶级思想，规定了红军的性质、宗旨和任务，确立了党对红军实行绝对领导的原则。虽然古田会议对党对军队的领导有重要论述，但它并非这一原则和制度的奠基事件。

综上所述，三湾改编是奠定党对军队绝对领导根本原则和制度的标志性事件。因此，正确答案是A选项（三湾改编）。