纸质通行券入口发放时,应加盖日期章,填写车型、车牌号码等内容,并做好()。

本题考察的是纸质通行券发放时的操作规范及记录要求。

A选项“系统登记”：虽然系统登记是公路收费及监控中的重要环节，但在此场景下，特指纸质通行券的发放过程，系统登记并非直接相关的必要步骤，因为纸质通行券的发放更多依赖于人工操作和记录，而非完全依赖系统。故A选项不正确。

B选项“特情记录”：纸质通行券的发放往往是在特殊情况下（如系统故障、无ETC车辆等）进行的。在这些特殊情况下，加盖日期章、填写车型、车牌号码等内容，并做好特情记录，是确保收费过程透明、可追溯的重要措施。特情记录能够详细记录纸质通行券的发放原因、时间、车辆信息等，对于后续的收费管理、核查等具有重要意义。故B选项正确。

C选项“报备”：报备通常指的是向上级或相关部门报告备案，虽然公路收费及监控中的某些事项可能需要报备，但在此场景下，纸质通行券的发放并不直接涉及报备流程。故C选项不正确。

D选项“管理”：管理是一个宽泛的概念，涵盖了收费及监控的各个方面。然而，在此问题的具体语境下，我们需要的是一个针对纸质通行券发放过程的直接、具体的操作或记录要求，而“管理”一词过于笼统，不符合题目要求。故D选项不正确。

综上所述，正确答案是B选项“特情记录”。