一般事故由事故发生地()负责调查。

选项解析：

A. 国务院：国务院是中国的最高国家行政机关，一般负责全国范围内的重大政策制定和执行，对于一般事故的调查通常不会直接由国务院负责。

B. 省、自治区、直辖市人民政府：这些政府机关负责较大行政区域内的行政管理，虽然具有较高行政级别，但一般事故的调查通常由更接近事故发生地的政府机构负责。

C. 设区的市级人民政府：这一级别的政府在行政管理体系中位于省以下、县以上，对于一些较为重要的事故可能会参与调查，但一般事故的调查通常由县级人民政府负责。

D. 县级人民政府：县级人民政府是基层政府，通常负责所辖区域内的行政管理，包括对一般事故的调查。由于它们更接近事故发生地，能够更加及时、有效地进行事故现场的调查和处理。

为什么选这个答案：

答案选D，因为根据中国的行政管理体制，一般事故的调查通常由事故发生地的县级人民政府负责。这是因为县级人民政府作为基层政府，能够快速响应并处理事故，同时更熟悉当地的情况，有利于事故的妥善处理和调查。其他选项虽然也是政府机关，但在处理一般事故的调查中，通常不是第一责任主体。