特别重大事故由()或者国务院授权有关部门组织事故调查组进行调查。

选项解析：

A. 国务院：国务院是我国最高国家行政机关，对于特别重大事故的调查具有最高的行政权力和组织能力。

B. 省、自治区、直辖市人民政府：这些政府机构负责所辖区域内的行政事务，但对于特别重大事故的调查，其权限和资源可能不足以全面负责。

C. 设区的市级人民政府：同样，设区的市级人民政府的行政级别和资源调配能力通常不足以处理特别重大事故的调查。

D. 县级人民政府：县级人民政府的行政级别更低，处理特别重大事故的能力和权限更加有限。

为什么选这个答案：

答案选A，因为特别重大事故往往影响范围广，涉及面大，需要调配的资源多，调查的复杂性和重要性要求由最高国家行政机关——国务院来授权或者直接组织事故调查组进行调查。这样可以确保调查的权威性、全面性和有效性，使得事故原因能够得到深入、公正、客观的查明，并据此采取相应的预防和整改措施。其他选项由于行政级别和权限的限制，不适合负责特别重大事故的调查。