现场补交车辆通行费形成补费流水相关证据、补费流水号上传至系统()。

选项解析：

A. 编号 - 这个步骤是必要的，因为为补费流水分配一个唯一的编号可以帮助在系统中准确地追踪和识别这笔交易。

B. 建档 - 建档是指将补交车辆通行费的相关信息（如车辆信息、交易时间、金额等）记录在系统中，形成完整的交易记录。这是为了确保有据可查，便于管理和审计。

C. 保存 - 保存是指将补费流水信息和编号在系统中存储起来，以防止数据丢失，并确保能够随时检索到这笔交易的历史记录。

D. 上报 - 上报通常指的是将某些信息提交给更高级别的管理部门或系统。虽然在某些情况下可能需要上报，但根据题目的描述，这里主要是关注在本地系统中的处理流程。

为什么选这个答案（ABC）：

这道题询问的是补费流水相关证据和补费流水号的处理流程。编号、建档和保存都是处理补费流水时的必要步骤，确保了信息的完整性、可追溯性和安全性。而上报虽然是管理流程中的一个环节，但根据题目的描述，它并不是补费流水形成后立即需要进行的操作，因此不是必选项。所以正确答案是ABC。