《大中型灌区续建配套节水改造项目建设管理办法》规定，实施大中型灌区改造的主要目标是完善灌排工程设施，提高（），改善农业生产条件。

选项解析：

A. 灌区输水效率：指的是灌区从水源取水到田间分配水的过程中，水的输送效率。提高输水效率可以减少水的损失，是灌区改造的重要目标之一。

B. 灌区配水效率：指的是在灌区内对水资源进行合理分配的效率。优化配水效率能确保各用水户按需获得水资源，减少浪费，同样是改造的关键目标。

C. 灌排保证率：指的是在一定的灌溉周期内，灌区能够满足作物需水要求的时间比率。提高灌排保证率能确保农业生产的稳定性。

D. 灌区质量：这个选项比较宽泛，灌区质量可能包括上述的所有效率，以及工程质量、管理质量等。但是，它不是一个直接针对节水改造项目的主要目标。

为什么选择ABC：

根据《大中型灌区续建配套节水改造项目建设管理办法》，改造的主要目标是完善灌排工程设施，提高灌区效率，改善农业生产条件。选项A、B和C都是提高灌区效率的具体方面，它们直接关联到节水改造项目的直接目标和效果。因此，这三个选项都是正确的。选项D虽然与灌区改造相关，但不是该法规中明确指出的主要目标，因此不是最佳选择。