《蓄滞洪区运用补偿暂行办法》规定,省级人民政府上报的补偿方案，由（）负责审查、核定,提出补偿 资金的总额，报国务院批准后下达。

选项解析：

A. 国务院财政主管部门：这一选项只提到了财政主管部门，虽然财政部门在资金管理上具有重要职责，但蓄滞洪区的补偿方案审查不仅涉及资金，还涉及水利专业管理，因此不够全面。

B. 国务院水行政主管部门：这一选项提到了水行政主管部门，考虑到蓄滞洪区与水利管理直接相关，水行政主管部门的参与是必要的。然而，补偿资金的核定也涉及到财政管理，因此仅由水行政主管部门负责也不够全面。

C. 国务院财政主管部门和国务院水行政主管部门：这个选项将财政主管部门和水行政主管部门都包括在内，两者联合审查可以确保补偿方案既符合财政管理的相关规定，又满足水利专业管理的需要，是一个全面的解决方案。

D. 国务院财政主管部门和国家审计部门：审计部门通常负责对资金使用的监督和审计，并不直接参与补偿方案的制定和审查。因此，这个选项虽然包含了财政主管部门，但引入审计部门并不是补偿方案审查的直接责任部门。

答案选择理由：

选择C是因为蓄滞洪区运用补偿暂行办法的实施需要综合考虑财政管理和水利管理的专业知识。国务院财政主管部门负责确保补偿资金的合理性和合法性，而国务院水行政主管部门则负责评估补偿方案的技术合理性和水利设施的实际情况。两者联合审查可以确保补偿方案的全面性和科学性，因此选项C是正确答案。