蓄滞洪区运用后，对区内居民遭受的下列损失不予补偿的是（）。

这是一道关于蓄滞洪区运用后损失补偿的问题，我们需要分析各个选项，并确定哪些损失是应该得到补偿的，哪些则不是。

首先，我们来看各个选项：

A. 农作物、专业养殖和经济林水毁损失：这些损失通常是由于洪水等自然灾害直接导致的，是居民在蓄滞洪区运用过程中可能遭受的直接经济损失，因此通常会被纳入补偿范围。

B. 住房水毁损失：住房是居民的基本生活资料，其因洪水等自然灾害而遭受的损失同样属于直接经济损失，因此也会得到相应的补偿。

C. 无法转移的家庭农业水产机械和役畜以及家庭主要耐用消费品水毁损失：这些物品也是居民的重要财产，且由于某些原因（如体积大、重量重、难以搬运等）在洪水来临时无法及时转移，因此其损失也应得到补偿。

D. 违反蓄滞洪区安全建设规划或者方案建造的住房水毁损失：这个选项涉及的是居民自身违反规划或方案而建造的住房。在蓄滞洪区内，通常会有严格的建设规划和方案，以确保在洪水来临时能够最大限度地减少损失。如果居民违反这些规划和方案进行建设，那么他们就需要自行承担由此带来的风险，包括洪水造成的住房损失。因此，这种损失通常不会被纳入补偿范围。

综上所述，我们可以确定，违反蓄滞洪区安全建设规划或者方案建造的住房水毁损失是不予补偿的。这是因为居民在明知有规划和方案的情况下仍然选择违规建设，需要自行承担由此带来的后果。

因此，答案是D选项：“违反蓄滞洪区安全建设规划或者方案建造的住房水毁损失”。