对造成水体严重污染的排污单位，限期治理。中央或省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的企业事业单位的限期治理，由省、自治区、直线市人民政府的环境保护部门提出意见，报（）决定。

解析如下：

题目考查的是我国对于严重污染水体的排污单位进行限期治理的决策权限归属。根据我国《水污染防治法》的相关规定，对于中央或省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的企业事业单位的限期治理，应由省级人民政府的环境保护部门提出处理意见，并报同级人民政府决定。

（A）同级人民政府：正确选项。省级环保部门提出意见后，需要由省级政府（即同级人民政府）来做最终的决定。
（B）国家环境保护部门：不正确。虽然国家环境保护部门有指导和监督职责，但是具体到此类限期治理的决定权并不在国家环保部门手中。
（C）国务院：不正确。尽管国务院是我国最高行政机关，但是具体到地方管理的企业事业单位的限期治理决定通常不会上升到国务院层面来决定。
（D）国家水行政主管部门：不正确。虽然水污染涉及水资源管理，但限期治理的决定主要还是由地方政府负责，而非直接由国家水行政主管部门决定。

因此，正确答案是A，即“同级人民政府”。