土工膜防渗施工时，要等土工膜铺设好以后，再铺设保护层。

选项A：“正确” - 这一选项暗示在土工膜铺设完成后，才开始铺设保护层是标准流程。

选项B：“错误” - 这一选项暗示在土工膜铺设完成后，再铺设保护层不是正确的施工顺序。

解析： 土工膜在防渗工程中用于阻止液体渗透，而保护层的作用是保护土工膜不受外界损害，如紫外线照射、物理穿刺等。在实际施工中，土工膜铺设好之后，应立即进行保护层的铺设，以防止在施工过程中或施工后土工膜遭到破坏。如果等待土工膜全部铺设完成再进行保护层的施工，那么在此期间土工膜可能会因为各种原因受到损害，影响防渗效果。因此，选项B“错误”是正确的答案，因为它指出了题目中描述的施工顺序是不正确的。

正确做法是在土工膜一部分铺设完成后，随即进行相应区域保护层的铺设，这样可以确保土工膜在整个施工过程中都得到妥善保护。