对某项目进行仪器监测的频次，通常情况下由多到少的排列顺序正确的是（）。

这道题考察的是水利工程中不同阶段对仪器监测频次的需求。我们可以根据每个阶段的特点和监测的重要性来进行分析：

A. 施工期、初蓄期、运行期：这个选项将施工期排在了最前面，这是合理的，因为施工期是工程建设的核心阶段，需要密切的监测。但初蓄期紧随其后可能并不完全符合实际情况，因为初蓄期虽然重要，但通常其监测频次会低于施工期，特别是在工程结构和安全监测方面。

B. 施工期、运行期、初蓄期：此选项将运行期排在了初蓄期之前，这不符合常理。初蓄期是水库或水工建筑物初次蓄水的重要阶段，其监测频次应高于进入常规运行期的阶段。

C. 初蓄期、运行期、施工期：这个选项将初蓄期排在了最前面，虽然初蓄期重要，但施工期的监测需求更为迫切和频繁，因为施工期涉及到工程结构的安全和稳定性，需要实时监控。

D. 初蓄期、施工期、运行期：这个选项正确地反映了不同阶段监测频次的需求。初蓄期作为水库或水工建筑物的重要阶段，其监测频次应相对较高；施工期是工程建设的核心阶段，监测需求也非常大；而运行期则进入了相对稳定的阶段，监测频次可以相应减少。

综上所述，选项D（初蓄期、施工期、运行期）最符合水利工程中不同阶段对仪器监测频次的需求。因此，正确答案是D。