农田灌溉的工程系统包括（）。

首先，我们来解析这道关于农田灌溉工程系统组成的选择题。

农田灌溉的工程系统是一个复杂但有序的系统，它涵盖了从水源的获取到水分最终送达农田并被有效利用的全过程。现在，我们来逐一分析各个选项：

A. 水源工程：虽然水源是农田灌溉不可或缺的一部分，但“水源工程”这一表述通常更侧重于水源的开发、保护和利用等综合性工程，而不直接属于农田灌溉的“工程系统”中的一环。农田灌溉的工程系统更多地是关注如何将水源的水输送到农田，并在农田中有效分布和利用。

B. 渠首工程：渠首工程是农田灌溉系统的重要组成部分，它通常位于水源附近，负责将水源的水引入灌溉渠道。这是灌溉系统中水流的起点，对于整个灌溉系统的运行至关重要。

C. 输配水工程：输配水工程是农田灌溉系统的核心部分，它负责将渠首引入的水通过渠道、管道等输送到农田的各个区域，并根据需要进行分配。这一环节直接关系到灌溉的效率和效果。

D. 田间工程：田间工程是灌溉系统的末端部分，它涉及在农田内部建设灌溉设施，如田间渠道、管道、喷灌或滴灌系统等，以确保水分能够均匀、有效地覆盖到作物根部。田间工程的合理设计和管理对于提高灌溉效率、减少水资源浪费具有重要意义。

综上所述，农田灌溉的工程系统主要包括渠首工程（负责引水）、输配水工程（负责输水和配水）和田间工程（负责在农田内部进行灌溉）。而水源工程虽然重要，但并不直接属于农田灌溉的“工程系统”中的具体环节。

因此，正确答案是B、C、D。