渠道的堤顶高程由（）来确定。

这道题目考察的是水利工程中渠道设计的基本概念，特别是关于堤顶高程的确定因素。我们来逐一分析各个选项：

A. 设计流量：设计流量是渠道设计中的一个重要参数，它决定了渠道在正常运行时能够承载的水量。然而，堤顶高程的确定并非直接基于设计流量，而是需要考虑到渠道在极端情况下的安全性能。

B. 加大流量：在水利工程中，堤顶高程的确定通常要考虑到渠道在遭遇超标准洪水（即超过设计流量的洪水）时的安全。加大流量，即超标准洪水流量，是确定堤顶高程的关键因素。堤顶高程需要足够高，以确保在遭遇这种加大流量时，渠道堤防不会漫顶，从而保证渠道及沿岸地区的安全。

C. 设计水位：设计水位是渠道在正常设计流量下的水位。虽然它是渠道设计中的一个重要参数，但堤顶高程的确定不能仅仅基于设计水位，因为还需要考虑到超标准洪水的情况。

D. 最低水位：最低水位与堤顶高程的确定无关。它更多地与渠道的蓄水能力、通航条件或生态需求等相关。

综上所述，堤顶高程的确定需要考虑到渠道在极端情况下的安全性能，即需要能够抵御超标准洪水的冲击。因此，堤顶高程是由加大流量来确定的，以确保渠道在遭遇这种极端情况时不会漫顶。所以，正确答案是（B）加大流量。