普通混凝土的强度等级是以具有 95%强度保证率的（）天的立方体抗压强度代表值来确定的。

解析：

这道题目考察的是普通混凝土强度等级的确定依据。在混凝土工程中，混凝土的强度等级是通过其立方体抗压强度来确定的，而这个强度值是基于一定保证率下的试验结果。

A选项（3、7、28）：这个选项列出了三个时间点，但在混凝土强度等级的确定中，不会同时考虑3天、7天和28天的强度值。特别是3天和7天的强度主要用于施工过程中的质量控制，而不是作为最终强度等级的确定依据。

B选项（3、28）：同样，这个选项包含了3天和28天，但如前所述，3天的强度值并不用于确定混凝土的最终强度等级。

C选项（7、28）：虽然28天的强度值是确定混凝土强度等级的关键，但7天的强度同样主要用于施工过程中的质量控制，而非最终强度等级的确定。

D选项（28）：在混凝土工程中，通常使用28天的立方体抗压强度作为确定混凝土强度等级的依据。这是因为28天是混凝土强度发展相对稳定的时间点，能够较好地反映混凝土的长期强度性能。此外，这个强度值是基于95%的强度保证率来确定的，意味着在实际工程中，混凝土强度低于这个值的概率只有5%。

综上所述，正确答案是D选项（28），即普通混凝土的强度等级是以具有95%强度保证率的28天的立方体抗压强度代表值来确定的。