从宏观的角度看，物质是由不同的(　　)组成的。

这道题考察的是对物质组成的基本理解，特别是从宏观和微观两个不同角度去看待物质的构成。

A选项“原子”：原子是构成物质的一种基本粒子，但它更多是从微观角度来描述物质的组成。在宏观上，我们并不直接描述物质由哪些原子组成，而是用更宽泛的概念，如元素。因此，A选项不符合题目要求的“宏观角度”。

B选项“元素”：元素是具有相同核电荷数（即质子数）的一类原子的总称。从宏观角度看，物质确实是由不同的元素组成的，这是化学中的基本概念。例如，水由氢元素和氧元素组成，这是从宏观上描述的。因此，B选项是正确的。

C选项“分子”：分子是能够独立存在并保持物质化学性质的一种粒子。虽然分子是构成物质的一种重要方式，但它同样更多是从微观角度来描述的。在宏观上，我们更多地使用元素来描述物质的组成。因此，C选项不符合题目要求。

D选项“质子”：质子是原子核的组成部分，带正电。它是从更微观的粒子层面来描述的，与题目要求的宏观角度完全不符。因此，D选项错误。

综上所述，从宏观的角度看，物质是由不同的元素组成的，所以正确答案是B。