违反《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》，造成档案损失的，由县级以上人民政府档案行政管理部门、有关主管部门（ ）。

这是一道关于法律条款理解和应用的问题，我们需要分析《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》中关于档案损失责任的相关规定，以确定正确的答案。

首先，我们梳理题目中的关键信息：

违反《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》。
造成档案损失。
需要判断的责任措施。

接下来，分析各个选项：
A. 予以警告：虽然法律条款中可能包含警告作为轻微违规的处罚，但在此情境下，重点是档案损失，警告可能不足以弥补这一损失。
B. 责令赔偿：当档案因违法行为受损时，责令违法者赔偿损失是合理的法律后果，旨在恢复或补偿因违法行为造成的损失。
C. 予以罚款：罚款是法律对违法行为的常见处罚，但在此情境下，罚款可能不足以直接弥补档案损失，且题目询问的是针对档案损失的直接责任措施。
D. 行政处分：这通常是对公务员或公职人员的内部纪律处分，与本题中提到的档案损失的直接法律责任不直接相关。

综上所述，根据《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》的相关规定，当因违法行为造成档案损失时，最直接的责任措施是责令违法者赔偿损失。因此，正确答案是B选项“责令赔偿”。这一措施直接针对档案损失，旨在通过经济手段恢复或补偿因违法行为给档案造成的损害。